Sea Shepherd Conservation Society a été formé en 1977 par le capitaine Paul Watson, un leader mondialement reconnu dans les questions environnementales et co-fondateur de Greenpeace. L’objectif de l’organisation était de prendre des mesures directes contre les opérateurs illégaux qui détruisaient la biodiversité marine des océans du monde.
Au cours de ses premières années, l’organisation relativement modeste a fait de grandes vagues: contester les baleiniers soviétiques dans le Pacifique, s’opposer aux abattages de phoques au Canada et chasser les bateaux de pêche étrangers illégaux des Grands Bancs. Sea Shepherd était également la seule organisation qui a contesté les flottilles de filets dérivants qui fonctionnaient hors de vue et hors de l’esprit de la haute mer du Pacifique.
En 2005, Sea Shepherd a lancé sa première campagne contre la chasse à la baleine dans 
l’océan Austral pour intervenir directement contre la chasse illégale des baleines de la flotte japonaise. Depuis 1987, les chasseurs de baleines japonais ont massacré des baleines illégalement dans l’océan Austral, sous le couvert de «recherches scientifiques». Le but de Sea Shepherd était simple : enfoncer économiquement la flotte baleinière. Avec les années Sea Shepherd s’est renforcé, le nombre de baleines tuées a été réduit et les profits des chasseurs de baleines ont connu une forte baisse.
En 2014, la Cour internationale de justice des Nations Unies, la plus haute juridiction internationale, a rendu une décision qui changerait à jamais le programme baleinier du Japon. Dans une majorité de 12-4, la Cour a statué que la JARPA II était en fait une opération commerciale illégale et, par conséquent, a ordonné qu’elle cesse immédiatement.
Grâce aux efforts directs de Sea Shepherd, qui a soulevé la question de la chasse à la
baleine illégale au Japon à l’attention internationale, l’été australien 2014-15 a été le premier depuis 1986, où les baleines de l’Antarctique ont pu nager librement, sans craindre la menace des harpons des baleiniers Japonais.
En plus des campagnes de protection des baleines, les équipes de Sea Shepherd ont travaillé avec les gardes du parc des Galapagos, ont attiré l’attention sur l’abattage annuel des dauphins à Taiji au Japon, ont lutté contre la récolte des requins en Australie, et des populations de tortues au Costa Rica et se sont opposées au plus grand massacre de mammifères marins d’Europe – la chasse infâme des baleines pilotes et d’autres petits cétacés dans les îles Féroé.
Aujourd’hui, Sea Shepherd est devenu un mouvement mondial, et a maintenant neuf navires opérant à travers le monde.